Die einfachste Art, in Japan von Stadt zu Stadt zu reisen, ist der Bahnverkehr. Bullet Trains sorgen für eine schnelle Reise. Über das Schienennetz sind viele Zielorte erreichbar und die Züge fahren in kurzen Abständen, besonders zwischen großen Städten. Es ist nicht sehr sinnvoll, das Land mit dem Flugzeug zu bereisen, es sei denn, Sie möchten zur Insel Okinawa oder nach Hokkaido im Norden des Landes, obwohl Letzteres ebenso mit dem Bullet Train oder Schiff erreichbar ist. Wenn Sie beabsichtigen, von Stadt zu Stadt zu reisen, ist der Japan Rail Pass eine lohnende Investition. Nur Kyoto und Osaka liegen nahe genug beieinander, um sie preiswert mit Nahverkehrszügen zu bereisen. Sollten Sie vorhaben, in diesen Städten zu bleiben, lohnt sich der Erwerb des Rail Passes nicht. Der Bullet Train benötigt für die Fahrt von Tokio nach Osaka weniger als drei Stunden. Nagoya liegt ungefähr auf halbem Weg zwischen Tokio und Osaka. Wenn Sie genügend Zeit haben, können Sie mit diesem Zug bis nach Hiroshima oder auf die Inseln Kyushu und Shikoku fahren. Hiroshima ist als Tagesausflugsziel von Osaka und Kyoto aus gut mit dem Bullet Train zu erreichen. Alle Zugtickets müssen vor Fahrtantritt an den Bahnhöfen – meist an Fahrkartenautomaten – gekauft werden. Besonders in ländlichen Gebieten existieren keine Anzeigetafeln in englischer Sprache, so dass es nötig ist, das Bahnhofspersonal um Hilfe zu bitten. In ländlichen Regionen wie der nördlichsten Insel Hokkaido bietet es sich an, einen Mietwagen zu nehmen. Andererseits ist es nicht sehr sinnvoll, sich einen Wagen zu mieten, um Städte zu erkunden: Das Parken ist sehr teuer und der übermäßige Verkehr sowie Staus auf den Straßen erschweren das Autofahren erheblich. Um einen Wagen mieten zu können, benötigen Sie einen internationalen Führerschein. Sobald Sie aus der Stadt herausgefahren sind, lichtet sich der Verkehr und Straßenschilder sind leicht verständlich.